A Magyar Szekuláris Egyesület célja a tudományos és tényeken alapuló kritikus gondolkodásra való egyéni és közösségi igény erősítése, és ezáltal a társadalomban jelenlevő dogmatikus és ideológiai alapú diszkrimináció és igazságtalanság csökkentése, a társadalmi felelősségtudat és igazságosság elősegítése, az egyház és állam szétválasztása és a szekuláris értékek népszerűsítése.