A két és fél éves edzés után Naruto hazaérkezik Avarrejtekbe.Ezzel közel egy időben feltűnik az Akatsuki nevű titokzatos bűnszervezet. Célja, hogy összegyűjtse mind a kilenc hatalmas erővel bíró "farkas" démont, köztük a Naruto testébe zárt kilencfarkú rókadémont is.