Természeti környezete, a város alá hajló Duna-ág rendkívül vonzóvá teszi Baját. Központi tere, a Szentháromság tér, melyet a magyarországi Szent Márk térként tartanak számon, három oldalról beépített, egy oldalról nyitott, a Sugovicárnéz, lóhere formában keresztezik az utak.
A város és közvetlen környéke a honfoglalástól folyamatosan lakott területnek számít. Neve török eredetű, amelyet valószínűleg első birtokosától, Bajától nyert. (Baja jelentése: bika.) A város első hiteles írásos említése 1323-ból való.
A törökök 1541-ben megszállták Magyarország középső területét, így Baját is. Egy magyar krónikás így ábrázolja a Bácskát a török hódoltság idején, 1553-ban: “Jó Isten! Mily szomorú képet mutat az egykor legjobb, legtermékenyebb föld; mily elhagyatott itt minden, mennyi vad tanyázik a szántóföldeken és szőlőkben, mily ritka mindenfelé a földműves, ritka az állat, s a pusztaság végtelen.”
A Habsburg császárok vezette felszabadító háborúk 1686-ban érték el a Duna-Tisza közét, s Baján már az 1688-as hadjárat megkezdése előtt megszűnt a török uralom, ismét a Habsburg Birodalom részévé vált.
A várost és határát – mint földesúr – a kincstár (kamara) foglalta le magának. I. Lipót császár 1696. december 24-én szabadalmas kamarai mezővárossá nyilvánította. (A dátummal, Ádám-Éva napjával magyarázható Baja címere, mely az első emberpárt ábrázolja a paradicsomi almafa alatt.)
A török hódoltság, a felszabadító háborúk, a Rákóczi-szabadságharc alatt elpusztult vagy elmenekült népesség helyére telepítésekkel, bevándorlással új népesség érkezett, s kialakult Baja sokszínű nemzetiségi összetétele.
A bajai uradalom 1750-ben a korszak legnagyobb birtokszerzőjeként számon tartott gróf Grassalkovich Antal tulajdona lett. A város főterén álló, barokk stílusú kastélyát eredetileg a kalocsai érsek építtette, de a köztudatban Grassalkovich-kastélyként őrződött meg. (Ma a városháza épülete.)
A város gazdasági fellendülése ebben az időben felgyorsult. A környék gabonakereskedelmének központja volt, innen indultak a terményekkel megrakott hajók a birodalom távoli részei felé. A XVIII. század elejétől a múlt század közepéig 31 céh kapott működésre engedélyt. A környékbeli falvak lakóinak fontos piaca volt a város.
A városban 1840. május 1-jén hatalmas tűzvész tombolt, melynek következtében elpusztult 1282 lakóház és 812 melléképület, 5 templom, a zsinagóga és a kórház, s 46 emberéletet követelt a tűz.
A város önálló élete 1862-ben kezdődött, mikor 722 000 forintért megváltotta magát a Zichy családtól. Baja 1873-ban törvényhatósági joggal felruházott város lett. Első polgármestere a zsidó származású Hauser Mór. Amennyiben meghatározható egy állandóan változó város lelkisége, úgy Bajára – éppen sokszínű nemzetiségi és vallási összetétele miatt – talán a tolerancia a legjellemzőbb.
Baja fejlődése a múlt század közepétől kezdve lelassult. Amilyen arányban nőtt a vasutak, különösen az elsőrendű, egyes országrészeket összekötő fővonalak jelentősége, olyan arányban vesztette el Baja a térségben gabonakereskedelmével és kisiparával játszott vezető szerepét. Nem vesztette el azonban az oktatás, a kultúra szempontjából meghatározó jelentőségét.
A Dunántúllal összekötő vasúti híd 1909-ben elkészült, s bár Baja fontos hídvárossá vált, de gazdasági fellendülést mindez már nem hozott, hiszen az első világháború után Bács-Bodrog vármegye nagyobbik része Jugoszláviához került, Baja határszéli várossá vált.
Az Osztrák-Magyar Monarchia utolsó uralkodóját, a trónfosztott IV. Károlyt és feleségét, Zita királynét 1921. november 1-jén különvonattal hozták Bajára, itt szálltak át egy brit monitorra, s hagyták el Magyarországot. A rakparton szerény emlékművet állított a város a következő szöveggel: “IV. Károly Magyarország Felkent Apostoli Királya e helyről hagyta el hazáját és szállt hajóra, hogy az ellenség számkivetésbe vigye őt. Erről emlékezvén Magyarok tanuljátok jobban szeretni a hazát, mint ahogy egymást gyűlölitek.”
Magyarország német megszállása után (1944. március 19.) megkezdődött a zsidók gettókba kényszerítése majd elhurcolása. Baja polgármestere, dr. Bernhart Sándor mindent megtett, hogy enyhítsen a zsidók szenvedésein, a városban az antiszemitizmusnak nem volt bázisa.
A második világháború alatt ugyan nagy károkat nem szenvedett a város, a stratégiailag fontos Duna-hidat azonban a szövetséges légierő 1944. szeptember 21-én felrobbantotta