...
Jelentésed rögzítettük. Hamarosan intézkedünk.
A Csillagkapu: Atlantisz története a Csillagkapu hetedik évad zárórészének, „Az elveszett város”-nak a folytatása, amiben a CSK-1 talál az Antarktiszon egy előőrsöt, melyet egy, az Ősök néven ismert faj készített. A nyolcadik évad első részének történései után a Csillagkapu Parancsnokság egy nemzetközi csapatot küld az előőrs tanulmányozására. Dr. Jackson hamarosan felfedezi, hogy hol van az Ősök által készített legnagyobb város, Atlantisz.
A sorozat tudósok és katonák kalandjait követi, akik egy valószínűleg egyirányú utat tesznek Atlantisz elveszett városába, a Pegazus-galaxisba, egy Lantea nevű bolygóra. A CSK csapatokhoz hasonlóan az új csapat is a csillagkaput használja, hogy kapcsolatba lépjen más kultúrákkal, néhány emberivel, néhány idegennel, barátságossal és nagyon veszélyessel, köztük a legújabb és legerősebb ellenségükkel: a lidércekkel. Megérkezésük után, azonban bele kell törődniük abba a ténybe, hogy nincs elég energia Atlantiszon, hogy visszajussanak a Földre.